El municipio de Sant Joan les Fonts se encuentra situado en la carretera GI-522 de Castellfollit de la Roca a La Canya.

EN COCHE:
- Desde Olot por la C-26 en dirección Vall de Bianya hasta La Canya.
- Desde Girona por la C-66 en dirección Banyoles y Olot. En Besalú coger A-26 dirección Olot, salida 79.
- Desde Figueres, por la N-260 y en Besalú coger la autovía A-26 dirección Olot, salida 79
- Desde Barcelona por la C-17 y la C-37 por Vic y túneles de Barcons o bien por l'AP7 y salida Girona Nord.

EN TRANSPORTE PÚBLICO:
- Líneas regulares desde Barcelona, Girona, Figueres, Banyoles,... de la empresa Teisa

TREN:
- Las estacions de tren más próximas: Girona, Figueras, Vic, Ripoll y Barcelona.

AVIÓN:
- El aeropuerto mas próximo es Girona que se encuentra a unos 50 km de la Garrotxa. El aeropuerto del Prat de Barcelona se encuentra a unos 130 km de la Garrotxa.